La classificazione della trota e delle sue specie e sottospecie è ancora in fase di aggiornamento in quanto le tecniche di allevamento portano a una modifica della tipologia di trota; ad esempio, una trota di mare (salmo trutta trutta) alla quale è impedito il ritorno al mare, si trasformerà in trota di torrente (salmo trutta fario).
La classificazione classica prevedeva la suddivisione in:
Salmo trutta trutta (trota di mare)
Salmo trutta fario (trota di torrente)
Salmo trutta lacustris (trota di lago)
Attualmente le nuove classificazioni basate su studi di tassonomia molecolare hanno portato alla classificazione di 3 sole specie europee:
Salmo mediterraneus
Salmo trutta (ceppo atlantico)
Salmo caspius (originario della zona caspica)
Tutte le trote italiane apparterrebbero dunque alla specie di Salmo mediterraneus e in particolare sono state riconosciute:
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| Salmo Carpio lago di Garda |
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| Salmo Cenerinus Italia settentrionale |
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| Salmo Marmoratus Italia settentrionale |
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| Salmo Cettii Italia centromeridionale |
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| Salmo Fibreni lago di Posta Fibreno (Lazio) |
Al ceppo atlantico appartiene invece la specie Salmo macrostigma
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| Salmo Macrostigma Africa Settentrionale |
